Los sotos de Alfaro son uno de los pocos lugares, junto con Haro, San Vicente de la Sonsierra y Logroño, donde ambas márgenes del río Ebro pertenecen al territorio de La Rioja.

Estos sotos son los únicos testimonios de la vegetación rupícola de carácter natural que cubría en una anchura considerable el río Ebro a su paso por el término municipal de Alfaro.
La mayor parte están ocupados por chopos de repoblación y zonas de huerta. Sin embargo, se pueden recuperar los bosques de ribera debido al impresionante poder de regeneración de sus especies, sobre todo chopos y sauces.

De los sotos que forman la reserva Natural, destacan dos: El Soto de la Duquesa ofrece un arbolado espeso de chopos y álamos, además de sauces cerca de la orilla y olmos, fresnos y alisos. Aquí nidifican especies forestales como herrerillos, mirlos y currucas. En las orillas puede verse algún martín pescador que nidifica en los taludes terrosos del río. También hay zorros y conejos. El Soto de Morales permanece inundado gran parte del año y su vegetación está compuesta por sauces, chopos, olmos y álamos, donde crían milanos, abubillas y pito real.
Desde Febrero hasta Septiembre las vecinas cigüeñas que anidan en los tejados de la Colegiata de San Miguel se adueñan de los sotos para buscar alimento. Hay que añadir otras aves como las garzas, cormoranes, ánades salvajes (azulones) y espátulas. El jabalí es uno de los mamíferos que habitan los Sotos, además de zorros, erizos, visones, conejos y liebres.

La frescura de los chopos junto a la orilla del río permiten agradables paseos para conocer algunos rincones de gran belleza en este hábitat natural de los Sotos del Ebro.